南京警院鉴定中心（原国家林业局森林公安司法鉴定中心）始建于1998年3月，2000年原国家林业局文件（林人发[2000]565号）明确“国家林业局野生动植物刑事技术鉴定中心”挂靠于南京森林公安高等专科学校（现南京森林警察学院）的关系。2005年6月原国家林业局办公室（办人字[2005]38）发文批准“国家林业局森林公安局野生动植物刑事物证鉴定中心”正式成立，2009年9月公安部批准“国家林业局森林公安局野生动植物刑事物证鉴定中心”加挂称谓为“国家林业局森林公安司法鉴定中心”(机构编号：20080000-4)。2016年3月，国家林业局森林公安司法鉴定中心通过公安部和国家认证认可监督管理委员会的“全国刑事技术机构国家级资质认定”。2020年换发新的鉴定机构和鉴定人资质，鉴定机构资格证书号为公字[2020]45号。2022年中心获得公安部和国家认证认可监督管理委员会的CMA延续认证，证书编号为220006023758。2022年11月更名为“南京警院鉴定中心”。
自十八大以来，鉴定中心为自然资源的保护执法做了大量工作。为全国31个省、市、区公安、海关、工商、检察院、法院等机关办理各类案件近30000起，心理测试人员200余人次，检验鉴定各类检材30余万件，涉案价值年均超过3亿元人民币，为全国自然资源类案件执法提供了重要的技术支撑。多次到现场直接参与执法部门的办案，如“眼镜蛇三号行动”。常年为全国森林公安、地方公安、海关、动物保护组织等相关行业进行业务培训，年均20余起，培训学员2000余名。通过接受中央电视台、新华社、三联生活周刊等各级各类媒体的采访向公众普及专业知识，回应相关的社会热点问题，加强公众保护野生动植物资源的意识。2017年江苏省特大网络贩卖野生动物案宣判，鉴定人作为专家证人出庭作证并接受采访，引起了强烈的社会反响，对公众有良好的教育效果。鉴定中心即时为一线办案人员提供法律、技术支持，接受的电话、微信、QQ等方面的咨询，提高办案质量和效率。2020年在公安部七局的指导下，组建了12个人的公安部野生动物物证检验鉴定战时技术支撑组指导野生动物的执法办案。
鉴定中心主体位于南京市仙林大学城文澜路28号，总建筑面积4200平方米。现有兼职鉴定人54人，硕博士学历37人，高级职称人员42人，50岁以上19人，40-50岁人员18人，40岁以下17人。是一支人员学历层次、职称结构、年龄分布等均比较科学合理、学科门类齐全、富有活力的鉴定队伍。鉴定中心现有大型仪器设备包括DNA扩增仪、DNA自动分析仪、DNA凝胶成像仪、木材切片机、全自动切片染色机、Ｘ荧光能谱仪、扫描电镜及能谱仪、透射电镜、液质联用仪、气相色谱—质谱联用仪、显微红外光谱仪、拉曼光谱仪、偏振光显微镜、徕卡比对显微镜、三维体视显微镜、各种光源的照相系统、模糊图像处理系统、人像模拟组合系统、指纹自动识别系统、文检仪等。其中100万元以上仪器有10余台（件），仪器设备总价值5282万元。动物标本陈列室始建于1999年，位于南京市花园路11号，占地面积480平方米。
鉴定中心承担法医类检验、DNA检验、痕迹检验、理化检验、文件证件检验、声像资料检验、电子数据检验、环境损害检验、心理测试9大类鉴定业务。法医类鉴定包括法医临床、法医病理等，DNA鉴定包括动物DNA种属鉴定、植物DNA种属鉴定，痕迹鉴定包括手印、足迹、工具、枪弹痕迹、整体分离痕迹，理化鉴定包括毒物、毒品、微量物证检验等，文件证件鉴定包括笔迹、印章、污损文件检验，声像资料鉴定包括物证鉴定照相、特种照相、图像处理、语音检验，电子数据鉴定包括文件一致性检验、软件功能检验、软件一致性检验、数据搜索、数据恢复，环境损害鉴定包括动植物形态鉴定、木材鉴定、林地面积、林木材积、森林火灾、涉案价值等鉴定。
